Микроконтроллер часто отвечает за жёсткое реальное время: PWM, энкодеры, аварийная остановка. Верхний уровень на Linux/ROS 2 отвечает за карту, планирование, интерфейс и запись данных. Между ними нужен простой протокол: UART, USB serial, CAN или micro-ROS.
Граница ответственности должна быть ясной: если верхний уровень завис, MCU должен безопасно остановить моторы. Это и есть инженерная архитектура, а не просто набор плат.